Средином четрдесетих година 19. века у Стојнику, Губеревцу, Парцанима и Бабама покренута је иницијатива за изградњу заједничке цркве за ова четири села. Међутим, мештани Парцана и Баба нису били одушевљени овом идејом. За разлику од њих Стојничани и Губеревчани, организовали су прикупљање прилога за изградњу цркве. Недуго затим избио је проблем по питању локације нове цркве. Губеревчани су се залагали за место на Прутену, а Стојничани за старо црквиште у Ливадама, на обали потока Лесковца. Пошто нису успели да се усагласе , Општина Стојничка је 11. августа 1850. године поднела молбу Конзисторији да им се дозволи подизање нове цркве у Бивољој бари, на локалитету Ливаде. Њихова молба је прихваћена и почетком пролећа 1851. године, намесник бељински Лазар Љубинковић је извршио освећење темеља новог храма.

У пролеће 1852. године, одржана је прва служба у храму посвећеном Покрову Пресвете Богородице. Како се зграда налазила на клижишту, председник Конзисторије протојереј Димитријевић фрбурара 1869. године предложио је Министарству просвете и црквених дела затварање зграде и забрану вршења службе у њој. Стојничани одмах моле да им се дозволи зидање нове цркве, у центру села. Услед недостатака средстава за жељену цркву, Стојничани граде мању, недалеко од данашње и то од материјала који је остао приликом рушења старе. Радови су завршени 1871. године. Уместо Покрову Пресвете Богородице црква је посвећена св. апостолу и јеванђелисти Марку. Упркос чињеници да је Стојник у то време био економски доста развијено и јако место, средства која су његови грађани скупили, нису била довољна за изградњу нове цркве, те су на збору грађана изабрана лица која су имала право задужити село за недостајући износ. Градња цркве започета је 1909. године.

У предвечерју ратних догађања и у самим ратним временима није било ни помена о завршавању цркве. Међутим, аустријски окупатори, сместили су артиљеријско оруђе у порту, у непосредној близини цркве, те је услед силних детонација и вибрација зграда испуцала и даље улагање у њу је било неисплативо.

Изградња нове цркве започета је 1928. године, а завршена 1935. године. Црква има основу уписаног крста, споља са петостраном а изнутра са полукружном олтарском апсидом. На западу је припрата са вестиблом, док је изнад наоса масивно осмострано кубе. Иконостас је осликао Александар Дикиј.

26. јуна 1932. године, Његова Светост патријарх српски господин Варнава, освештао је нову цркву, за коју је иначе он поклонио црквено звоно.

Црква у Стојнику била је присутна од давних времена. Први писани трагови налазе се у турским пописима Београда и околине крајем 15. и у 16. веку.